Após já existir um produto cadastrado e notar alguma alteração em seu atual estoque físico (perca de produto ou vencimento do mesmo), é possível realizar o reajuste da quantidade deles pelo sistema da seguinte forma:
Acesse o menu Vendas » Produtos.

Selecione o produto desejado.

Após selecionar o produto, clique em “Alterar Estoque”.

Feito isso, você poderá alterar o estoque na tela que será aberta, marcando a opção de “Saída ou Entrada” no estoque.

Após as alterações clique em "Salvar".